علاوه بر طرح های کلان، شرکت واگن سازی در برنامه های تحقیق و توسعه خود در نظر دارد:

• طراحی و ساخت سیستم Data Acquisition
• طراحی مجدد، بهینه سازی و ساخت BLCU(Break logic control unit) لکوموتیو های سری TM2
• طراحی مجدد، بهینه سازی و ساخت برد های الکترونیکی بردهای BCU لکوموتیو های سری TM3
• بهینه سازی سیستم کنترل PLC base واحد تهویه مطبوع ناوگان متروی تهران بر اساس استانداردهای EN14750 و EN14813
• بهبود فرآیند یکپارچه سازی زیر سیستم های الکتریکی قطار ملی
• طراحی و ساخت اتاق تست HVAC
• طراحی سوله جهت تست استاتیک بدنه
• طراحی و ساخت چرخ اندازه گیر
• ارتقاء استحکام بدنه بر اساس کلاس PIII از استاندارد EN 12663
• تست نویز و آکوستیک قطار مطابق با استاندارد های ISO
• طراحی و ساخت واگن باری لبه بلند
• طراحی و ساخت استند تست بارگذاری استاتیک بدنه مطابق با استاندارد های ریلی مربوطه